John Ray, een Engelse wetenschapper en denker in de zeventiende eeuw, ontwikkelde in 1693 een nieuw classificatiesysteem, gebaseerd op dat van Aristoteles. Dankzij de opkomst van de microscopie in zijn tijd was de classificatiesysteem van Ray beter en logischer dan dat van Aristoteles. De uitvinding van de microscoop eind zestiende eeuw was een mijlpaal in de geschiedenis van de wetenschap. Wetenschappers konden eindelijk kleine dieren en planten in detail waarnemen en ze nauwkeuriger beschrijven.
Met behulp van microscoop bestudeerde Ray de uiterlijke kenmerken van dieren en planten om ze in groepen in te delen. Zo keek hij bijvoorbeeld naar de eigenschappen, aantallen en functie van de lichaamsdelen (bijvoorbeeld tanden, voeten, tenen) van de dieren. Verder was Ray de eerste wetenschapper die de eenlobbige planten van de tweelobbige onderscheidde.
Het indelingsysteem van Ray was een verbetering maar het systeem was nog lang niet perfect. Omdat iedere wetenschapper meestal ook zijn eigen methode had om de dieren en planten in te delen, kreeg hetzelfde organisme vaak verschillende wetenschappelijke namen. Daardoor ontstond er vaak verwarring tussen wetenschappers. Een wereldwijd geaccepteerd indelingsysteem was dus echt nodig om de misverstanden te voorkomen.

In de achttiende eeuw werd een nieuw classificatiesysteem ontwikkeld door de Zweedse wetenschapper Carolus Linnaeus (1707-1778). Dit was een verdere verfijning van de oude indelingssytemen. Linnaeus deelde dieren en planten in op een systematisch (planmatige) manier en bedacht een nieuwe naamgeving voor elk beschreven organisme.
Linnaeus voerde voor elk dier en elke plant een Latijnse naam in bestaande uit twee woorden: de geslachtsnaam en de soortnaam. Omdat ieder organisme twee namen krijgt, wordt deze naamgeving "binaire naamgeving" genoemd.
Linnaues begon de geslachtsnaam altijd met een hoofdletter en onderstreepte of drukte beide namen schuin. De combinatie van deze twee namen vormde de unieke wetenschappelijke naam van het dier of de plant. Het werd al snel door wetenschappers van alle landen gebruikt om de soort aan te duiden. Dit hielp om verwarring en misverstanden tussen wetenschappers uit verschillende landen te vermijden.
Hij deelde planten in volgens zijn systematich indelingsysteem en gaf in 1753 een catalogus uit, "Species Plantarum", met nieuwe wetenschappelijke namen voor planten. Maar hij is het meest bekend geworden door zijn boek "Systema Naturae" waarin hij dieren systematisch indeelde aan de hand van hun gemeenschappelijke kenmerken. Het systematische classificatiesysteem van Linnaeus was toen de beste manier om het leven in te delen en daarmee heeft hij de basis gelegd voor het huidige classificatiesysteem.